支农再贷款是人民银行在农村金融改革过程中促进改善农村金融服务、支持农村信用社扩大涉农信贷投放的一项重要政策措施。自1996年全国农村信用社与中国农业银行脱离行政隶属关系以后，农业银行不再向农村信用社提供支持资金。同时，受90年代后期地方金融风险影响，农村信用社资金实力有所削弱，存款持续徘徊，加上当时国有商业银行集中撤并县以下分支机构，县域金融服务和涉农信贷需求与农村信用社资金不足的矛盾突出。为支持扩大涉农信贷投放，引导增加农户贷款，促进改善农村金融服务，经国务院批准，人民银行于1999年开始办理支农再贷款业务。